Recién ordenado presbítero en 1996 por el obispo Felipe Fernández, el primer destino de Fermín fue como administrador parroquial de San Francisco, en Santa Cruz de La Palma, donde estuvo muy poco, antes de ser nombrado párroco de Nuestra Señora de La Luz en Arico Nuevo. El año 2002 pasó a ser titular de la parroquia de San Pío X, en Ofra, y capellán del Hospital La Candelaria en Santa Cruz de Tenerife. El año 2007, además, fue nombrado encargado de San Juan de la Cruz, también en Ofra. Y desde el año 2012 ha venido ejerciendo su última responsabilidad pastoral en Icod del Alto (Los Realejos), como párroco de Nuestra Señora del Buen Viaje. Todo ello sin olvidarse nunca de su querida Casa Cuna, del Hospital La Candelaria y, por supuesto, de su querido Club Deportivo Tenerife, equipo del que era capellán, forofo y muy crítico. Durante toda esta trayectoria vital, vocacional y de servicio, Fermín fue, sencillamente, ejemplar.
El padre Fermín Hernández en plena celebración de la Eucaristía